Отвечает за реализацию задач Министерства по:

- сохранению и созданию благоприятной для жизни человека природной среды на территории Республики Марий Эл;

- созданию условий для сохранения и воспроизводства используемых на территории Республики Марий Эл природных ресурсов;

- обеспечению безопасности эксплуатации гидротехнических сооружений республиканской собственности;

- обеспечению геологического изучения недр, воспроизводству минерально-сырьевой базы, ее рациональному использованию и охране недр;

- межотраслевой координации и функциональному регулированию природоохранной деятельности органов исполнительной власти Республики Марий Эл и организаций на территории Республики Марий Эл с участием федеральных органов государственной власти (по согласованию);

- обеспечению сохранения водных объектов, находящихся в собственности Республики Марий Эл;

- организации и проведению государственной экологической экспертизы объектов республиканского уровня в пределах своей компетенции;

- разработке и реализации государственных программ Республики Марий Эл по обеспечению экологической безопасности, охране окружающей среды, рациональному использованию природных ресурсов и сохранению биоразнообразия;

- разработке предложений по вопросам нормативного регулирования в области охраны окружающей среды, обеспечению экологической безопасности, недропользования в пределах полномочий Республики Марий Эл.

Координирует деятельность:

- отдела природопользования и государственной экологической экспертизы;

- отдела регулирования водных отношений;

- отдела недропользования и геологии;

- отдела государственного экологического контроля и надзора.