Административный центр района — посёлок городского типа Морки.
Моркинский район образован 28 августа 1924 года после принятия постановления ВЦИК и Марийской автономной области, которым образован Моркинский кантон в числе девяти кантонов Марийской автономной области. Тогда общая площадь составляла 1990,7 кв. км. Сегодня территория района занимает 2272 кв. км.
По территории района протекает Илеть и ее правый приток Юшут, а также ряд мелких речек — Ары, Вонжа, Ировка, Тюшумка, Шалинка, Шора, Франка и другие. Наибольшее водохозяйственное значение в пределах района имеет река Илеть.
Имеется около 50 мелких озер. Три из них охраняются государством — Круглое (Ергешьер), Кужьер (Долгое), Шучьер (Черное). В 2002 году на территории района был организован биологический заказник регионального значения «Моркинский» площадью 9500 га (Постановление Правительства Республики Марий Эл М 262 от 15.08.2002). Район богат родниками и ключами, которых насчитывается 33 шт. Их очистка и обустройство проводится за счет местного бюджета. Болотистых мест не много.
Моркинский район, как и в целом, Республика Марий Эл, является составной частью Волго-Вятского лесохозяйственного района и играет важную роль в лесоресурсном потенциале Республики Марий Эл и Волго-Вятского экономического района. Его доля в республике по общей площади лесного фонда — 12,9%, по запасам древесины основных пород — 13,1%, в том числе хвойных — 12,4%. Общая лесистость в районе составляет 62%, при общей лесистости Республики Марий Эл — 46%.